腸の表面は「粘液」で覆われています。腸内細菌はその粘液層に棲みついています。通常食事などを通じて外から入ってきた細菌や病原菌は、この粘液層に入り込むことができません。粘液層は外からの病原菌を入れないためのバリアとなっているのです。腸内細菌はそのバリアの中に棲みついているのです。つまり彼らは私たちに許されて居住している仲間たちなのです。いわば私たちが大家さんで彼らが下宿人という関係です。ではなぜ私たちの体内に棲みつくことが許されているのか?それは私たちにとって、メリットが大きいからです。実はこのようなことは珍しいことではありません。牛は胃の中に細菌を棲まわせており、そのおかげで消化活動が行えるのです。